La organización central de la Corriente Gremial Universitaria esta integrada por dos órganos: La Asamblea General Legislativa de CGU y La Mesa Central Ejecutiva. Ambos órganos están integrados por representantes de todas las facultades donde se presenta CGU, y tienen como objetivo la conducción a nivel central de la Corriente de acuerdo a lo que establecen los estatutos. De ninguna forma estos órganos pueden intervenir sobre las decisiones de la CGU de cada facultad.

Asamblea General Legislativa

La Asamblea General Legislativa es el órgano legislativo de CGU, tiene como competencias la aprobación y modificación de los estatutos centrales de la CGU, así como la posibilidad de variar cualquier decisión de la Mesa Central; también puede emitir comunicados y pronunciarse sobre temas de la Universidad a nivel central. La Asamblea está integrada por los representantes de CGU en el cogobierno de todas las facultades, así como un representante de cada facultad donde se presente CGU pero no tenga representación en el cogobierno. La Asamblea es dirigida por la Mesa de la Asamblea la cual está integrada por un presidente y dos secretarios.

Mesa Central Ejecutiva

La Mesa Central Ejecutiva es el órgano ejecutivo de CGU, tiene como competencias las decisiones diarias de CGU, y también puede emitir comunicados y pronunciarse sobre temas de la Universidad a nivel central, siempre y cuando no contradiga lo establecido por la Asamblea General. La Mesa Central está integrada por un represente de cada facultad donde se presente CGU.